值为维ASX的Dictionarylikeobject。可以理解为平行空间中的对象,比如Seurat中的count,标准化后称为data,规范化后称为scale.data,Scanpy数据结构:AnnDataAnnData是一种在python中存储单细胞数据以检索矩阵信息的格式:要访问其中一个属性,可以通过普通的dataframe来访问:要查看有多少个集群//单元子集...访问其中一个属性的方法与相同,obs,这部分uns不是针对行/列的。但是对于以行和列标记的参数(暂时),如果上面提到的pbmc的obs中有louvain的观测,那么就是uns中运行louvain算法的参数。
image-1/phenomograph算法的输入是一个NXD矩阵,这个矩阵中的行被分成类别,使得类别间的差异大于类别内的差异。我们的假设是,这些类别代表具有生物学显著表型的细胞群。我们的前提是,细胞群聚集在D维空间的密集区域,并由紧密的标记表达组合来定义。因此,我们的目标是在D维空间中识别这些密集的细胞区域。然而,我们不知道数据中类别的数量、大小或高维形状(例如,椭球体、凸面)。
AnnData是一种用于在python中存储单个单元数据以检索矩阵信息的格式:要访问其中一个属性,可以通过普通的dataframe进行访问:查看有多少个聚类//单元子集...访问其中一个属性的方法与相同。obs。这个uns的部分不是针对行/列的,而是针对行和列标注的参数(暂时)。如果上面提到的pbmc的obs中有louvain的观测值,那么它就是在uns中运行louvain算法的参数。
值为维ASX的Dictionarylikeobject。可以理解为平行空间中的对象,比如Seurat中的count,标准化后称为data,规范化后称为scale.data,可以用adata。然后键入Tab查看可以使用的函数或变量,数据索引和切片参考numpy和pandas。