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南京医科大学是国家双一流建设大学。首批医学院校由教育部国家卫生健康委员会和江苏省人民政府共建，江苏省高水平大学建设峰会计划A类建设大学，学校拥有8个一级学科博士学位授权点，8个二级学科博士学位授权点，54个交叉学科博士学位授权点，5个专业博士学位授权点，2个一级学科硕士学位授权点，11个二级学科硕士学位授权点，65个博士后科研流动站，学位授权点覆盖医学、工程、管理、法律、教育、文学等7个学科。
